Davis 2017 model

\begin{align*}
  \frac{d QA\_red}{dt} &= - QA\_red \cdot k\_recomb \cdot {10}^{7 + 16.666666666666668 \cdot Dpsi - 1 \cdot pH\_lumen} \\
  & + PPFD \cdot PhiPSII - PQ \cdot QA\_red \cdot k\_QA \\
  & + \frac{PQH\_2 \cdot QA \cdot k\_QA}{Keq\_QA} \\ 
  \frac{d PQH\_2}{dt} &= 0.5 \cdot PQ \cdot QA\_red \cdot k\_QA \\
  & - 0.5 \cdot \frac{PQH\_2 \cdot QA \cdot k\_QA}{Keq\_QA} \\
  & - 0.5 \cdot \frac{PC\_ox \cdot PQH\_2 \cdot Vmax\_b6f \cdot c\_b6f \cdot (1 - \frac{1}{1 + {10}^{pH\_lumen - pKa\_reg}})}{PQ + PQH\_2} - PC\_red \cdot Vmax\_b6f \cdot c\_b6f \cdot {10}^{7 + 16.666666666666668 \cdot Em\_PQH2\_pH7 + 16.666666666666668 \cdot pmf - 1 \cdot pH\_lumen - 16.666666666666668 \cdot Em\_PC\_pH7} \cdot (1 - \frac{1}{1 + {10}^{pH\_lumen - pKa\_reg}}) \cdot (1 - \frac{PQH\_2}{PQ + PQH\_2}) \\ 
  \frac{d pH\_lumen}{dt} &= \frac{lumen\_protons\_per\_turnover}{b\_H} \cdot QA\_red \cdot k\_recomb \cdot {10}^{7 + 16.666666666666668 \cdot Dpsi - 1 \cdot pH\_lumen} \\
  & - \frac{lumen\_protons\_per\_turnover}{b\_H} \cdot PPFD \cdot PhiPSII \\
  & - \frac{2 \cdot lumen\_protons\_per\_turnover}{b\_H} \cdot \frac{PC\_ox \cdot PQH\_2 \cdot Vmax\_b6f \cdot c\_b6f \cdot (1 - \frac{1}{1 + {10}^{pH\_lumen - pKa\_reg}})}{PQ + PQH\_2} - PC\_red \cdot Vmax\_b6f \cdot c\_b6f \cdot {10}^{7 + 16.666666666666668 \cdot Em\_PQH2\_pH7 + 16.666666666666668 \cdot pmf - 1 \cdot pH\_lumen - 16.666666666666668 \cdot Em\_PC\_pH7} \cdot (1 - \frac{1}{1 + {10}^{pH\_lumen - pKa\_reg}}) \cdot (1 - \frac{PQH\_2}{PQ + PQH\_2}) \\
  & + \frac{lumen\_protons\_per\_turnover \cdot n}{b\_H} \cdot ATP\_synthase\_driving\_force \cdot Vmax\_ATPsynth \\
  & + \frac{lumen\_protons\_per\_turnover}{b\_H} \cdot k\_KEA3 \cdot (H\_lumen \cdot K\_st - H\_stroma \cdot K\_lu) \\ 
  \frac{d Dpsi}{dt} &= - volt\_per\_charge \cdot QA\_red \cdot k\_recomb \cdot {10}^{7 + 16.666666666666668 \cdot Dpsi - 1 \cdot pH\_lumen} \\
  & + volt\_per\_charge \cdot PPFD \cdot PhiPSII \\
  & + volt\_per\_charge \cdot \frac{PC\_ox \cdot PQH\_2 \cdot Vmax\_b6f \cdot c\_b6f \cdot (1 - \frac{1}{1 + {10}^{pH\_lumen - pKa\_reg}})}{PQ + PQH\_2} - PC\_red \cdot Vmax\_b6f \cdot c\_b6f \cdot {10}^{7 + 16.666666666666668 \cdot Em\_PQH2\_pH7 + 16.666666666666668 \cdot pmf - 1 \cdot pH\_lumen - 16.666666666666668 \cdot Em\_PC\_pH7} \cdot (1 - \frac{1}{1 + {10}^{pH\_lumen - pKa\_reg}}) \cdot (1 - \frac{PQH\_2}{PQ + PQH\_2}) \\
  & + volt\_per\_charge \cdot Fd\_ox \cdot P700\_red \cdot PPFD \cdot PSI\_antenna\_size \\
  & - n \cdot volt\_per\_charge \cdot ATP\_synthase\_driving\_force \cdot Vmax\_ATPsynth \\
  & - volt\_per\_charge \cdot k\_KEA3 \cdot (H\_lumen \cdot K\_st - H\_stroma \cdot K\_lu) \\
  & - volt\_per\_charge \cdot 0.5 \cdot P\_K \cdot (Dpsi - \frac{0.06 \cdot \ln(\frac{K\_st}{K\_lu})}{\ln(10)}) \cdot (K\_lu + K\_st) \\ 
  \frac{d K\_lu}{dt} &= lumen\_protons\_per\_turnover \cdot k\_KEA3 \cdot (H\_lumen \cdot K\_st - H\_stroma \cdot K\_lu) \\
  & - lumen\_protons\_per\_turnover \cdot 0.5 \cdot P\_K \cdot (Dpsi - \frac{0.06 \cdot \ln(\frac{K\_st}{K\_lu})}{\ln(10)}) \cdot (K\_lu + K\_st) \\ 
  \frac{d PC\_ox}{dt} &= - \frac{PC\_ox \cdot PQH\_2 \cdot Vmax\_b6f \cdot c\_b6f \cdot (1 - \frac{1}{1 + {10}^{pH\_lumen - pKa\_reg}})}{PQ + PQH\_2} - PC\_red \cdot Vmax\_b6f \cdot c\_b6f \cdot {10}^{7 + 16.666666666666668 \cdot Em\_PQH2\_pH7 + 16.666666666666668 \cdot pmf - 1 \cdot pH\_lumen - 16.666666666666668 \cdot Em\_PC\_pH7} \cdot (1 - \frac{1}{1 + {10}^{pH\_lumen - pKa\_reg}}) \cdot (1 - \frac{PQH\_2}{PQ + PQH\_2}) \\
  & + P700\_ox \cdot PC\_red \cdot k\_PCtoP700 \\ 
  \frac{d Zx}{dt} &= - Zx \cdot k\_EZ \\
  & + \frac{1 \cdot Vmax\_VDE \cdot Vx}{1 + {10}^{nh\_VDE \cdot (pH\_lumen - pKa\_VDE)}} \\ 
  \frac{d singO2}{dt} &= phi\_1O2 \cdot phi\_triplet \cdot QA\_red \cdot k\_recomb \cdot {10}^{7 + 16.666666666666668 \cdot Dpsi - 1 \cdot pH\_lumen} \\ 
  \frac{d P700\_ox}{dt} &= Fd\_ox \cdot P700\_red \cdot PPFD \cdot PSI\_antenna\_size \\
  & - P700\_ox \cdot PC\_red \cdot k\_PCtoP700 \\ 
  \frac{d Fd\_red}{dt} &= Fd\_ox \cdot P700\_red \cdot PPFD \cdot PSI\_antenna\_size \\
  & - Fd\_red \cdot NADP\_st \cdot k\_FdtoNADP \\ 
  \frac{d NADPH\_st}{dt} &= 0.5 \cdot Fd\_red \cdot NADP\_st \cdot k\_FdtoNADP \\
  & - NADPH\_st \cdot k\_CBB \\ 
  \frac{d LEF}{dt} &= Fd\_red \cdot NADP\_st \cdot k\_FdtoNADP \\ 
  \frac{d ATP\_made}{dt} &= ATP\_synthase\_driving\_force \cdot Vmax\_ATPsynth
\end{align*}